LBP (lipopolisakarit bağlayıcı protein), 60000 nispi moleküler ağırlığa sahip bir glikoproteindir. Protein yapısı, 5000 nispi moleküler ağırlığa sahip tek zincirli bir polipeptittir. Golgi vücudunda bir glikosilasyon reaksiyonuna girer ve sonra kana salgılanır. bir glikoprotein haline gelmek için olgunlaşır. LBP ısıya dayanıklı değildir ve aktivitesi genellikle 50 °C'de stabildir ve aktivitesinin yaklaşık %50'si 53 ile 56 °C arasında kaybolur. Fare serumu veya fare saf LBP'si 59 ℃'ye ısıtıldığında aktivite tamamen kayboldu. İnsan plazması ısıya duyarlıdır. Komplemanı etkisiz hale getirmenin en yaygın yöntemi (56 ℃, 30 dakika), LBP'nin biyolojik aktivitesinde %70'lik bir kayba yol açabilir.

Şu anda, insan LBP proteininin amino asit dizisinin, 25 amino asit kalıntısı ve 452 amino asit kalıntısı içeren bir sinyal dizisi peptidinden oluşan olgun bir protein polipeptit zinciri olduğu açıklığa kavuşturulmuştur. Polipeptit zincirinde sırasıyla 275~277, 325~327, 330~332361~363 ve 369~371 bölgelerinde bulunan dört sistein ve beş glikosilasyon bağlama bölgesi vardır. Tavşan LBP'sinin protein yapısı insanlarınkine çok benzer. Ayrıca 26 amino asit kalıntısından oluşan hidrofobik bir polipeptit zincirinden ve 456 amino asit kalıntısından oluşan bir protein polipeptit zincirinden oluşur. Amino asit dizisi, aynı amino asit dizisinin %69'u ile insanlarınkiyle oldukça benzerdir; Nükleotit sekansı %78 tutarlıdır, ancak yalnızca sırasıyla 275~277, 325~327 ve 361~363 bölgelerinde bulunan 2 sistein ve 3 glikosilasyon bağlama bölgesi içerir. BPI'ye (bakterisidal/permeabilite artırıcı protein) benzer olabilecek LBP'nin kimyasal uzamsal konformasyonu hala belirsizdir.