O antijen polimeri, lipit A'nın çekirdeğine bağlandığında, polimerizasyon reaksiyonunu durduracaktır. Yani bağlanma reaksiyonu, polimerizasyon reaksiyonunu sonlandırabilir. Hem lipit A'nın çekirdeği hem de farklı uzunluktaki tekrar birimlerine sahip lipopolisakarit etkili bir şekilde dış zara aktarılabilir. Bu nedenle lipopolisakkaritin moleküler boyutu, çıkış sisteminin faktöründen ziyade biyosentez sistemindeki farklılıktan kaynaklanan SDS-PAGE ile görülebilir.

O antijeninin yan zincirinin farklı bakterilerde dağılımı farklıdır, bazıları yaklaşık 20 tekrar birimi içerir ve bazıları yaklaşık 100 tekrar birimi olabilir. SDS-PAGE elektroforezinde, farklı bakteri türlerinin farklı moleküllerinin gümüş boyama yoğunluğundaki fark yansıtılır. O antijeninin yan zincir uzunluğunun farklı bakterilerde farklı dağılımının nedeni, O antijeninin polikondensasyonu veya bağlantı reaksiyonu sürecinde bir boyut seçim faktörü olması olabilir. Wzz (yani Rol veya Cld), antijenleri Wzy'ye bağlı yolla sentezleyen bakterilerde yan zincir uzunluğunun dağılımını düzenleyen önemli bir proteindir, ancak spesifik mekanizması hala belirsizdir.