Lipid A, hidrofiliklik ve hidrofobiklik özelliklerine sahip bir tür gliserofosfolipiddir. Glukozamin, yağ asidi ve pirofosfattan oluşur. İskeleti iki glukozaminden oluşur β- 1,6 pozisyonu pirofosfat bağları ile polimerize edilir ve hidrofiliktir. Çeşitli uzun zincirli yağ asitleri ve pirofosfatlar, disakarit zincirine sırasıyla lipit bağları ve amid bağları ile bağlanır. Uzun zincirli yağ asitlerinin yapısı lipit A'yı hidrofobik yapabilir. Lipid A, endotoksinin ana biyoaktif bileşenidir. Çeşitli gram-negatif bakterilerin lipit A'sının kimyasal yapısı çok benzerdir. Aralarında farklılıklar olsa da türe özgü bir özellik yoktur. Lipit A'nın kimyasal yapısı şekilde gösterilmiştir. .

Lipid A molekülünde, yağ asitleri yaklaşık %70~%80'i oluşturur. Çeşitli bakterilerin yağ asidi özellikleri ve dizilişleri farklıdır. Bağırsak bakterileri hidroksile yağ asitleri, özellikle hidroksile miristik asit içerir. （ β- Hidroksimiristik asit) spesifik bileşenidir, diğer bakterilerde ise hidroksile miristik asit veya diğer hidroksile yağ asitleri yoktur. Anaerobik melanoid basiller, β-Hidroksile edilmiş miristik asitten yoksun, siklik veya tek karbon zincirli yağ asitleri olabilen benzersiz yağ asitlerine sahiptir. Lipid A suda çözünmez ancak fenol, benzin, piridin, trietilamin, dimetil sülfoksit ve sodyum hidroksitte çözünür.

1960 yılında, Westphal ve ark. ilk önce lipit A'nın endotoksinin biyolojik olarak aktif bileşeni olduğunu ve ardından Otto L ü ideritz ve ark. lipit A'nın aktivitesini iki yöntemle doğruladı. Yöntemlerden biri, polisakkarit eksikliği olan mutantın lipopolisakaritindeki KDO kalıntısının kimyasal yapısını değiştirmekti ve lipopolisakaritin aktivitesi (öldürücülük, pirojenite, farelerin ve tavuk embriyolarının anti-tamamlayıcı aktivitesi) değişmeden kaldı, bu da toksisitenin olmadığını gösteriyor lipopolisakkaritte, fakat lipid A'da; Diğer yöntem, inaktive edilmiş bakterileri ayırmak ve ekstrakte etmek ve elde edilen çözünmez lipid A'yı albümin gibi suda çözünür taşıyıcılarla birleştirerek stabil çözünür lipit A oluşturmak ve aktivitesini doğrudan belirlemektir. Deney, lipit A'nın farelerde öldürücü, ateşli, tamamlayıcı aktiviteye, kemik iliği nekrozuna, limulus lizatın pozitif lizat testine ve diğer biyolojik aktivitelere sahip olduğunu doğruladı.

Lipid A'nın aktivitesi, ham lipopolisakaritinkinden biraz daha düşük olmasına rağmen, yine de lipopolisakaritin aktif bölgesinin lipit A olduğunu gösterebilir. Bununla birlikte, polisakkaritlerin varlığı, çözünmeyen lipit A'nın kolayca çözünmesine ve rolünü oynamasına yardımcı olur. Lipid A'nın toksisitesi esas olarak lipit bağları ile bağlanmış yağ asidinde yatmaktadır. İkincisi, AOAH gibi nötrofiller ve makrofajlardaki lizozomal enzimler tarafından hidrolize edilir ve uzaysal yapısında değişikliklere yol açan deasile edilmiş lipid A haline gelirse, lipid A veya lipopolisakarit toksisitesini kaybeder. Çeşitli gram-negatif bakterilerin lipit A'sının kimyasal bileşimi ve yapısı farklı olmasına rağmen, birbirlerine çok benzerler, bu da insan vücuduna verilen reaksiyon da dahil olmak üzere endotoksin aktivitesinin temelde aynı olduğunu açıklar. İnsanlar ve fareler gibi farklı türlerde bazı endotoksinlere karşı reaksiyonun ters olması göz ardı edilemez.

Lipid A, LPS'nin en muhafazakar kısmıdır. Aynı zamanda gram-negatif suşların lipopolisakkaritlerinin moleküler yapısında da yaygın bir bileşendir. Şu anda, konağın doğal bağışıklık sistemi tarafından tanınan GNB'nin patojenle ilişkili moleküler modeli (PAMP) olarak kabul edilmektedir: TLR, CD14 ve PAMP moleküllerini tanıyan diğer reseptörler gibi. Lipid A'nın (fosfatidil lipid A gibi) yapısal bütünlüğünün LPS'nin toksisitesi ile ilişkili olduğu, monofosforil lipid A veya monofosforil lipid A öncüllerinin (lipit x, lipid Y gibi) ateşe neden olamayacağı bulundu, yerel Shwartzman reaksiyon veya ölümcül şok. Bu nedenle, bazı insanlar vücudun endotoksine karşı toleransını uyarmak için monomer lipid A öncüsünün kullanılmasıyla ilgili çalışma ve tedaviyi incelediler. Şu anda, lipid A ve KDO'nun LPS yapısındaki en toksik bileşenler olduğuna ve buna ihtiyaç duymadığına inanılmaktadır. miristik asit, endotoksin aktivitesi nispeten zayıftır. Lipid A ve KDO ayrıca vücudun bağışıklık sistemini aktive edebilen ve vücudun karşılık gelen antikorları üretmesine neden olabilen immünojenisiteye sahiptir.

Genel yöntemlerle ekstrakte edilen iki lipit endotoksin formu vardır, yani lipit A ve lipit B. Lipit B, endotoksinin diğer bileşenleri ile zayıf bir şekilde birleşir ve genel lipit solventi ile ekstrakte edilebilir. Sefalin'e ait olabilir ve biyolojik aktivitesi yoktur. Lipit B'nin uzaklaştırılmasının endotoksin aktivitesi üzerinde bir etkisi olmadığından, lipit B endotoksinin gerçek toksik bileşeni değildir. Lipid A, lipopolisakarit oluşturmak için polisakkaritler ile birleşir.

Tipik lipopolisakkarit molekülü yukarıdaki üç parçadan oluşur, ancak bazı gram-negatif bakterilerde (Haemophilus, Neisseria, vb.) sadece birkaç şeker grubu yerini almıştır. çekirdek polisakkarit, bu nedenle bu tür lipopolisakarit genellikle lipopolisakkarit (LOS) olarak adlandırılır.