Lipopolisakarit nötr solüsyon oda sıcaklığında birkaç ay saklanabilir ve biyolojik aktivitesi önemli ölçüde değişmez. 4 ° C'de veya düşük sıcaklıktaki bir buzdolabında saklanırsa, biyolojik aktivitesi birkaç yıldan on yıllara kadar değişmeden kalabilir. Kuru lipopolisakarit nötr toz, biyolojik aktivitesini kaybetmeden oda sıcaklığında veya buzdolabında onlarca yıl veya daha uzun süre saklanabilir.

Lipopolisakkarit, oda sıcaklığında asidik bir çözeltiye yerleştirildiğinde, molekülleri kısmi bozunmaya uğrar. Bu değişiklik esas olarak polisakkarit ve lipid A arasındaki glikozidik bağların ve lipid A1-glikozit bağlarının bölünmesini içerir. Isıtma bu reaksiyonu teşvik edebilir. Güçlü bir asit çözeltisi, ısıtma koşulları altında lipopolisakaritleri tamamen yok edebilir.

Alkalin faktörlerin lipopolisakarit molekülleri üzerinde, özellikle de lipit A molekülleri üzerinde büyük etkisi vardır. Bu sırada, lipid A iskeleti üzerindeki 4-fosfat ester bağı ve 3 ve 3 pozisyonlarındaki yağ asidi ester bağı kolayca yok edilir ve bu da molekülün parçalanmasına neden olabilir. Bu sırada, bozunan moleküller tipik endotoksin aktivitelerini kaybederler. Lipopolisakkaritler, güçlü alkali koşullar altında tamamen yok edilebilir.