LPS ve GNB'nin konakçı tarafından kolayca tanınabilmesi ve temizlenebilmesi için GNB'nin LPS sentezinin nasıl etkileneceği de endotoksemiyi tedavi etmek için bir önlemdir. Enteojenik endotoksemide Escherichia coli (E.coli), konağın fagositoz klirens reaksiyonundan kolayca kaçabilen, endotoksinin güçlü biyolojik aktivitesini gösteren ve çeşitli toksik etkilere neden olan tipik bir LPS yapısına sahiptir. Bu nedenle, endotoksin çalışmalarında, endotoksinin biyolojik etkilerini değerlendirmek ve çeşitli müdahale önlemlerini değerlendirmek için sıklıkla E. coli'nin LPS'si kullanılır; Eksojen GNB enfekte olduğunda, LPS yapısı tipik LPS yapısından yoksundur ve toksisitesi nispeten düşüktür, bu da konakçı tarafından temizlenmesi kolaydır.

Alman bilim adamı Seydel ve ark. LPS agrega makromoleküllerini fizyolojik tuzlu suya yerleştirdi, bir gösterge olarak makrofajlar tarafından salgılanan IL-6'yı kullandı ve farklı LPS'nin üç boyutlu yapısını analiz etmek için senkrotron radyasyon X-ışını kırınım teknolojisini kullandı. Koni yapılı LPS'nin güçlü biyolojik toksisiteye sahip olduğu, silindir yapısının kübik kimyasal yapısının ise toksisiteden yoksun olduğu veya düşük toksisiteye sahip olduğu bulunmuştur. E.coli'den heksaasil lipid A ters çevrilmiş bir küp yapısı iken, E.coli'den pentadaktil lipid A ve tetradesil lipid A çok katmanlı bir yapı oluşturur ve hafif bir misel yapıya sahip olma eğilimindedir; Bununla birlikte, c.jejuni lipid A, ters çevrilmiş bir küp yapısına dönüşme eğilimi gösteren tek lamelli bir yapıdır. Diğer tüm lipid A, istisnasız çok katmanlı yapılar oluşturur. Hekzadesil bağırsak bakterilerinin her bir lipid A'sı konik veya içbükeydir, pentadaktil lipidi esas olarak silindiriktir ve tetradesil lipid A silindiriktir ve konik veya dışbükey gelişme eğilimindedir (hidrofobik bölgenin enine kesiti bundan biraz daha küçüktür) hidrofilik bölge).

Mevcut veriler endotoksinde LPS için ortak bir prensip olduğunu göstermektedir. Bağırsaktaki E. coli gibi, yalnızca lipit A'nın konik veya içbükey fiziksel şekli yüksek biyolojik aktiviteye sahiptir. LPS, agonist aktiviteden yoksundur ve lipit A'nın silindirik şekli ile ilişkilidir. Bir asil grubu içermeyen LPS, bir antagonist olarak kullanılabileceği anlamına gelmez. Endotoksin monositlere, makrofajlara, nötrofillere ve dendritik hücrelere içselleştirildiğinde, deasil lipid A'yı üretmek için asil karboksil hidrolaz (AOAH) tarafından enzimatik olarak hidrolize ediliyor ve aynı zamanda üç boyutlu morfolojisini değiştiriyor olabilir. Şu anda toksik etkisi yoktur. Görüldüğü gibi LPS'de asil gruplarının varlığı veya yokluğu toksik olmadığı anlamına gelmemektedir. Üç boyutlu yapısını anlamak gerekir.

Endotoksinin biyolojik etkisi ve LPS'nin negatif yük miktarı, asil zincirlerinin sayısı, asil grubunun dağılımı, asil zincirinin yağ asidi doyma derecesi ve stereo konformasyondaki değişimin tümü endotoksin aktivitesini etkiler. Bu sonuç, LPS analoglarının tasarımı için teorik bir temel oluşturabilir ve bunların toksik LPS'nin etkisini antagonize etmelerini sağlayabilir.